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Manuel Zúñiga es Científico Titular del CSIC desde 2005 y está integrado en el Laboratorio de Bacterias Lácticas y Probióticos. Obtuvo su doctorado en Microbiología en la Universidad de Valencia. El tema de trabajo fue el desarrollo de métodos de manipulación genética de Oenococcus oeni, una bacteria láctica de interés enológico y para la que no se disponía de herramientas de manipulación. En este estudio se consiguió por primera vez la transferencia de plásmidos y transposones conjugativos a este organismo así como el desarrollo de otras metodologías para el estudio microbiológico del mismo. De 1995 a 1996 permaneció en el laboratorio del Dr. Gaspar Pérez Martínez en el IATA para abordar la identificación y caracterización de los genes implicados en la ruta de la arginina deiminasa en Lactobacillus sakei, un trabajo que continuó financiado con un contrato Marie Curie de retorno en 2000-2001 en el mismo laboratorio. Este estudio permitió determinar la organización genética de esta ruta y su regulación transcripcional así como su papel en fermentaciones cárnicas . De 1997 a 1999 M. Zúñiga trabajó en el Dpto. de Genética Molecular de la U. de Groningen en la caracterización de la proteína de iniciación de la replicación (Pro11) del bacteriófago r1t de Lactococcus lactis, financiado por una beca del Min. de Educación y Ciencia y un contrato Marie Curie de la UE. Como resultado de este estudio se caracterizó en profundidad la interacción entre Pro11 y el origen de replicación del fago. A partir del año 2001, M. Zúñiga obtuvo contratos de reincorporación del Min. de Educación y Ciencia, contrato I3P del CSIC y finalmente contrato Ramón y Cajal. En estos años, M. Zúñiga participó en diversos estudios centrados en la caracterización genética, fisiológica y filogenética de diversas rutas de utilización de carbohidratos en Lactobacillus casei, así como en la caracterización de la microbiota intestinal de conejos y ratas. A partir de 2005 M. Zúñiga inició una línea de investigación centrada en el estudio del papel de los sistemas de transducción de señal de dos componentes (TCS) de L. casei en la respuesta a estrés de este organismo. Con este objeto participó como paso previo en la secuenciación del genoma de L. casei BL23 lo que permitió identificar los 17 TCS codificados por este organismo. Como resultado de estos trabajos se han caracterizado funcionalmente varios TCS, incluyendo un sistema implicado en la regulación de la ruta del enzima málico, otros implicados en la respuesta de resistencia a péptidos antimicrobianos y recientemente un sistema que regula el uso de fuentes de nitrógeno entre otros procesos. Actualmente sigue trabajando en la caracterización de otros sistemas así como en la respuesta a estrés de este organismo. M. Zúñiga ha continuado participando en estudios de caracterización de microbiota intestinal así como en estudios de evolución molecular por métodos filogenéticos. Recientemente ha iniciado un estudio en colaboración con el Dr. Vicente Monedero del metabolismo del fosfato en L. casei. Este estudio enlaza la línea de trabajo en TCS, pues existen evidencias de la implicación de al menos un TCS en la regulación del metabolismo del fosfato, con los estudios sobre las propiedades probióticas de L. casei llevados a cabo en el laboratorio. Asimismo, este estudio ha dado pie al comienzo de una nueva línea de investigación centrada en la aplicación de probióticos para la reducción de la biodisponibilidad de metales pesados en colaboración con el grupo de Elementos Traza del IATA.