Recursos del CSIC para cálculo numérico intensivo

audiencia

Estos recursos están dirigidos a los grupos de investigación que tienen necesidades de cálculo que sobrepasan la capacidad de sus propios ordenadores o de los sistemas informáticos instalados en su centro.

En el caso del IATA, las crecientes necesidades de cálculo derivadas de la secuenciación, tanto de ácidos nucleicos como de aminoácidos, así como algunas otras aplicaciones bioinformáticas, pueden aconsejar acudir a medios de cálculo externos para reducir drásticamente los tiempos necesarios para terminar los análisis numéricos.

recursos

El CSIC dispone de tres niveles de potencia de cálculo:

1. El cluster del CSIC en Madrid, repartido físicamente entre Serrano y Cantoblanco, pero que trabaja como una sóla unidad. Las arquitecturas de paralelización disponibles en el cluster de Madrid son MPI, openMPI y MPICH.
2. El superordenador del CESGA (Galicia) en el que el CSIC tiene cuota de uso del 50%.
3. El GRID. Gran red de clusters repartidos por el mundo trabajando de forma común.

acceso

Para usar los sistemas del CSIC o del CESGA hay que pedir el alta como usuario de los Sistemas de Cálculo a la SGAI del CSIC. Pueden hacerlo las personas que tienen acceso a la Intranet (es decir están registradas ya en la GEP del CSIC como personas que trabajan dentro de un centro del CSIC). También puede hacerlo una persona de otra institución si está trabajando en un proyecto del CSIC que precisa usar los sistemas de cálculo. Pero en este caso su petición tiene que ser avalada por un investigador del CSIC que sea responsable del proyecto.

Para usar el GRID hay que pedir certificados personales en IberGRID, que se pueden gestionar a través de nuestros vecinos del IFIC.

En todos los casos, las cuentas de usuario son personales e intransferibles. Cada persona que tenga que trabajr con estos sistemas debe usar inexcusablemente su cuenta personal y evitar que sea usada por otras personas, ni de su proyecto ni, mucho menos, ajenas a él.

procedimiento

Tienes que ir al portal de cálculo científico del CSIC:

http://intranet2.csic.es/web/calculo-cientifico

Encontrarás allí toda la información necesaria. En la columna de la izquierda verás teléfono y buzón de todas las secciones y personas del servicio.

Para pedir el alta, despliega la pestaña superior "Recursos de Cálculo Científico SGAI-CSIC" y pulsa sobre "Peticiones y solicitudes". Descargara el formulario pdf, rellénalo y envíalo como adjunto por correo electrónico a Octavio Díaz-Pinés. Su dirección está en la columna de la izquierda bajo "Cuentas de Usuarios y Soporte".

Para obtener ayuda para trabajar con estos sistemas, os podrán orientar las personas que figuran en la entrada "Clusters HPC y Soporte" de la columna de la izquierda.

En la pestaña "Software Científico" tienes una relación de software licenciado que está disponible en el cluster del CSIC.

A medida que tengamos más experiencia local os iremos dando indicaciones que permitan empezar con más facilidad a los neófitos. De momento os dirigimos al personal de Cálculo Científico de la SGAI del CSIC.