1.    Aplicación de técnicas de análisis global de la expresión génica y explotación de los datos: estudios de regulación del metabolismo y genómica comparada, usando cepas probióticas.

2.    Estudio de los mecanismos implicados en la actividad probiótica mediante técnicas moleculares como, expresión diferencial en tejidos y bacterias (nutrigenómica), etc.

3.    Diseño de cepas recombinantes de L. casei, de grado alimentario, con propiedades probióticas (terapéuticas, vacunas orales) o tecnológicas  mejoradas.

4.    Explotación del conocimiento desarrollado a través de proyectos con la UE o industrias en las áreas como: uso de técnicas rápidas para  detección e identificación bacteriana, desarrollo de biosensores para la industria alimentaria, uso de cepas de Lactobacillus para reutilización de lactosuero, caracterización bioquímica de las propiedades probióticas de ciertas cepas o el diseño de nuevos alimentos fermentados (no lácteos) para la presentación comercial de probióticos.

5.    Estudio del papel de los sistemas de transducción de señal dos componentes en la respuesta a estrés de cepas probióticas.

6.    Producción de metabolitos bioactivos por ingeniería metabólica en bacterias lácticas.